L'abitato fu concepito secondo un modello che prevedeva case murate e tutte uguali tra loro. Il piano edilizio dei Fieschi era estremamente moderno: si stabilì un numero di abitazioni da edificare - in muratura e non di graticci e legnami - entro un certo tempo e secondo un preciso progetto. Poiché il numero dei privati che aderirono fu inferiore al numero delle case preventivate, i Fieschi si accollarono l'onere di costruire gli edifici che non avevano ancora un padrone, per poi rivenderli, oppure li costruirono in compartecipazione con privati. Per la sua tipologia, il Borgo richiama la struttura di altri abitati medievali della Val di Vara, quali Brugnato, Groppo, Bozzolo, raccolti attorno ad un piazzale circondato da portici, sotto i quali si trovavano i magazzini: è proprio la funzione mercantile del centro a caratterizzare così fortemente la struttura ellittica, rara in ambiente rurale. Le case avevano infatti, al piano terra, un vano più grande, voltato ed utile ai depositi di merci, accanto ad un vano più piccolo che ospitava la scala di accesso all'abitazione del piano superiore.
All'interno del Borgo era la piazza (attuale Piazza Fieschi), vero organismo funzionale attorno al quale si accentra l'intera organizzazione planimetrica, ed una via che lo tagliava a metà; erano assenti percorsi radiali, soltanto stretti vicoli collegavano trasversalmente i bracci: di questi resta traccia in un archivolto in Piazza Castello ed in uno in Via Portici, presso la porta superstite. A Nord, il Borgo era chiuso dal palazzo del Signore, successivamente trasformato in castello; all'interno, tra le case, fu costruita anche una cappella dedicata a Santa Maria e scomparsa nel XVII secolo, sulla cui ubicazione si è a lungo discusso; documenti inediti la pongono inequivocabilmente a Nord, di fronte all'attuale chiesa di San Filippo Neri. I materiali usati per la costruzione erano ciottoli di fiume, pietre ed arenaria. In particolare la pavimentazione dei sottoportici del braccio Est - con il fronte rivolto al centro - e della schiera centrale - con i portici paralleli al cardine - appare antico, mentre la pavimentazione restante ha sicuramente subito rifacimenti nel corso dei secoli. La difesa del Borgo era costituita dalla cortina delle pareti esterne delle case, insieme alla torre campanaria fortificata della Pieve - fuori dall'abitato - e alla fortezza di Monte Tanano.
Le mura furono erette in un periodo successivo e dotate di due porte: una probabilmente vicina al palazzo dei Fieschi, l'altra a Sud (visibile ancora oggi), dotata di due fornici e costituita da conci in pietra regolari. La cinta muraria non esiste più, solo nella parte Ovest è visibile un pezzo di muro in pietra, a conci piccoli uniti con malta, che probabilmente costituisce un residuo della ricostruzione delle mura originarie.
Il Grecino
Il quartiere si sviluppa lungo la collina che digrada verso il fiume Crovana, unito al Borgo da un elegante ponte ad un solo fornice. La sua costruzione risale al 1515 quando, a seguito di un'abbondante pioggia, il fiume spazzò via la passerella che consentiva l'attraversamento, travolgendo anche un giovane ventiquattrenne - tale Calcagnino - fresco sposo che sfidò il pericolo per raggiungere al più presto la moglie. Sulla spalla destra del ponte è un bassorilievo in arenaria che rappresenta la Nascita, la Morte e la Resurrezione di Cristo, testimonianza quattrocentesca di devozione popolare.
Il Castello
Il castello è posto a chiusura del Borgo, sul lato settentrionale, e le sue fasi edilizie sono state ricostruite a seguito degli scavi archeologici condotti all’epoca del restauro (1964). La cronaca redatta nel 1558 dal varesino Antonio Cesena, narra di una casa con giardino del Signore Fieschi - costruita tra il borgo e il mulino sul Vara - della cui successiva sparizione non si conoscono i particolari. Nel 1435 il condottiero Nicolò Piccinino, al servizio del Duca di Milano, invase Varese ed innalzò una nuova torre, incaricando maestanze fatte arrivare appositamente dalla Lunigiana, quelli medesimi maestri, che aveva fatti venire, li quali poco innanzi avevano fatto la torre di Piagnano castello di Pontremoli. L’accesso alla torre era consentito da un ponte levatoio sul fossato, sul lato rivolto al Borgo. La torre del Piccinino venne affiancata dal torrione costruito da Manfredo Landi tra il 1472 ed il 1478-79. Sposata la feudataria di Varese, Antonia Maria Fieschi, il Landi si stabilì nel borgo e sentì la necessità di ampliare la zona abitativa del palazzo.
